Эхлээд Ерөнхий сайдаа, дараа нь намын даргын албаа хүлээлгэн өгсөн С.Баярын өөрийнх нь хэлснээр стандарт бус шийдвэрийн тухай яриа, хөөрөө намжаагүй байна. Нэгэн цагт зүтгэж, зорьж, хүрч чадсан оргилоосоо тэр эрүүл мэндийн шалтгаанаар буулаа. Улс төрөөс  холдсон ч томилолт өвөртлөн МАХН-д  эргэж  ирсэн он жилүүд түүний намтарт  бий. Н.Багабандийг Ерөнхийлөгчөөр ажиллаж байхад Тамгын газрын даргаар ажиллаж,  дараа нь тодорхой шалтгааны улмаас Москвад Элчин сайдаар томилж өгөхийг хүссэнийг нам нь ёсоор болгож байв.
 Тухайн үеийн хэвлэл, мэдээллийн хэрэгслүүдэд  “Н.Багабандийн тойрон хүрээлэгчид Ц.Нямдоржийг хятадын тагнуул гэж цоллох кампанит ажилд идэвхийлэн оролцоод зогсохгүй  Засгийн газарт Ш.Отгонбилэг, н.Батхишиг нарыг  багтаахаар зүтгэснийг  Л.Энэбиш, Ж.Бямбадорж, Ц.Нямдорж нар эсэргүүцэн бүлгийн хурал хаяж гарахад хүрсэн. Тэр байтгуай Н.Багабандийг дахин нэр дэвшүүлэх асуудлыг хүлээн зөвшөөрөхгүй гэжээ” хэмээн бичиж байсан  нь бий. 2001 онд Н.Багабандийг дэвшүүлэхгүй гэсэн намын нөхдөө эвлүүлэн, үл ойлголцлыг өөр дээрээ татаж, бас даван туулж  Ерөнхийлөгчийн сонгуульд ялалт байгуулахад Н.Энхбаяр онцгой үүрэг гүйцэтгэсэн байдаг.  Н.Багабанди  Ерөнхийлөгч болсны дараа МАХН-аа дэмжиж ажиллана  гэсэн бичигт гарын үсэг зурснаар  намынхаа   зарим нөхдийг зөөлрүүлсэн гэдэг. Гэсэн ч Ерөнхийлөгч болсныхоо дараа  “Эх орон-Ардчилал эвсэл”-ээс  М.Энхсайхан, Д.Эрдэнэбат нарын гаргасан  “Шинэ сонголт” уриаг  дэмжсэн гэж ойлгогдохоор битүү утгатай үгийг   УИХ-ын чуулган дээр хэлснээр  ам тангаргаа зөрчсөнийг МАХН-ын удирдлагууд   тухайн үед сануулж байсан удаатай. Сөрөг хүчнийг илт дэмжсэнээр Н.Багабандийг гэх МАХН-ынхны итгэл найдвар бүтэлгүйтэж, С.Баяр ОХУ руу томилолт өвөртлөсөн нь тэр. 
Улс төрөөс нэлээд хөндийрсөн ч С.Баяр эргээд МАХН-ын даргатай ойлголцох хүсэлтээ удаа дараа илэрхийлж, ирсэн, очсон хүмүүсээр хэл  дайж байв. 2003 онд Н.Энхбаяр Ерөнхий сайдаар ажиллаж байхдаа “Их өр” –ийг тэглэх ажлаар Орост очиж, Москвад Элчин сайдаар  сууж байсан С.Баяртай уулзсанаар монголд ирээд сонин, сэтгүүл гаргах хэмжээнд яригдаж байсан түүнд МАХН-ын Ерөнхий нарийн бичгийн дарга болох томилолт  өвөртлүүлсэн гэдэг. Гэтэл Д.Лүндээжанцан, Д.Арвин, Ц.Нямдорж, Д.Идэвхтэн  нар юун С.Баярыг хүлээж авах,  эсэргүүцэл тэмцэл өрнөсөн ч олгой хагаравч тогоон дотроо гэгчээр асуудал нэг мөр болж Ерөнхий нарийн бичгийн даргаар сонгожээ. Үүний хариуд С.Баяр намынхаа итгэлийг хүлээж, сайн ажиллах андгай тангараг тавьсан байдаг.
2004 оны УИХ-ын сонгуульд С.Баяр МАХН-ын штабыг удирдав. Аль ч нам 39 суудал авч Засгийн газар байгуулах боломжгүй сонгуулийн дүн гарсан.  МАХН, АН хоёр, хоёр жилээр засаг барихаар тохиролцон зөвшилцлийн Засгийн газар байгуулж Ц.Элбэгдоржийг Ерөнхий сайд болгов. 2005 онд  МАХН Н.Энхбаярыг Ерөнхийлөгчийн сонгуульд дэвшүүлсэн. Нэг үгээр хэлбэл,  УИХ-ын сонгуульд 39 суудал авч чадаагүй намын хувьд төрийн тэргүүний сонгуульд ялалт байгуулах  зорилго тавьсан нь энэ. Энэ үеэс С.Баяр эсрэг ажилласан, нэр дэвшүүлчихээд өөрөө  дэгээдсэн гэсэн яриа, хөөрөө гарах болсныг хэвлэлийн шарлаагүй хуудсууд нотолно. Сонгуулийн кампанит ажил эхлээ ч үгүй байхад МАХН-ын Ерөнхий нарийн бичиг, сонгуулийн штабын дарга  С.Баяр  “Ерөнхийлөгчийн сонгууль хоёр үе шаттай болох нь. Н.Энхбаяр, Б.Жаргалсайхан,  М.Энхсайхан,  Л.Дашням, Д.Эрдэнэбат  нарын хэн нь ч 50 хувиас дээш санал авч чадахгүй бол сонгууль дахих болно” хэмээн мэдэгдэж байв. МАХН-аас  нэр дэвшигч 50 хувийн санал авах нь бараг тодорхой байхад “Сонгууль хоёр үе шаттай болох нь”  гэж мэдэгдэх нь сүүлийн шатанд өрсөлдөгчид нэг баг болж тоглох боломжийг бүрдүүлж эсрэг багт тоглож байгааг нь нотолж байв. Тухайн үед С.Баяр, Б.Жаргалсайхан, М.Энхсайхан, Л.Дашням,  Д.Эрдэнэбат  нарын санал нэг болчихсон нь олныг гайхшруулсан.  Мөн МАХН-ын Ерөнхий нарийн бичгийн дарга  СЕХ-г татан буулгах асуудлыг хөндөж байв. 2005 оны Ерөнхийлөгчийн сонгуульд   МАХН-аас дэвшигч Н.Энхбаяр 53 хувийн рейтингтэй гараагаа  эхэлж, 53.75 хувийн саналаар гарсан. Нэг үгээр хэлбэл, хармааныхаа оноогоор  ялалт байгуулсан, нам нь ажиллаагүй.
2006 оны нэгдүгээр сард Ц.Элбэгдоржийн Засгийн газар огцорсноор МАХН-ын дарга, улмаар Ерөнхий сайдын төлөөх тулаан М.Энхболд, С.Баяр нарын дунд өрнөсөн. Н.Энхбаярын дэмжлэгтэйгээр М.Энхболд шууд Ерөнхий сайд болсон ч УИХ-д ганц суудалтай намууд Засгийн газарт багтаж, нэг бус алдаа дутагдал гаргасан нь олон нийтийн бухимдлыг төрүүлсээр  огцорсон.  МАХН-д шинэчлэлийн төлөөх хөдөл­гөөнүүд байгуулагдаж, намын шинэчлэл болоод удирдлагын асуудлаа хүчтэй тавьж эхэлсэн билээ. МАХН-ыг шинэч­лэлд хөтлөх удирдагч хэн бэ гэдэг асуултын хариу шинэчлэлийн гэх тодотголтой 25 дугаар их хурлаас  хүлээж байсан. МАХН их хурлаараа жигүүр хөдөлгөөнүүдийн төлөөллөө удирдах зөвлөлдөө багтааж, намын даргаараа С.Баярыг сонгосон.  Хэдийгээр МАХН-ын 25 дугаар их хурлын өмнө “Би хүний өмсч өмсчихсөн хөлстэй пиджак өмсөхгүй” гэж хэлж байсан хүн намын дарга, Ерөнхий сайд болсонд зарим нь эгдүүцэж, сонин хэвлэлүүд бичиж байсан ч гэлээ тэрээр нэгэнт эрх мэдэл өгч байгаа бол Ерөнхий сайд болж эрх мэдэлтэй болохын хэрээр үүрэг хариуцлагаа ч хүлээнэ гэдгээ мэдэгдэж байсан юм. Ингээд  С.Баяр санасандаа хүрсэн.
 2009 оны Ерөнхийлөгчийн сонгуульд МАХН-аас  Н.Энхбаярыг дэвшүүлж, С.Баяр штабыг удирдсан.  Н.Энхбаяр 21 аймгаас 17- д нь ялалт байгуулсан ч нийслэлийн дүүргүүдээс тун бага санал авсан. Хэвлэл, мэдээллийн хэсгүүд нэгдмэл байж чадаагүй, сурталчилгааны материал тараагдаагүй, Ерөнхий нарийн бичгийн дарга нь  21 аймгаар явах байтугай өрөөнөөсөө гараагүй  гээд олон асуудал МАХН-д байлаа. Энэ бүхний хариуд өрсөлдөгч АН-ын зүгээс МАХН-ын удирдлагад талархах нь зүй ёсны юм. Н.Энхбаяр гарч ирсэн бол АН-д хожигдол авчрах байсан. Ц.Элбэгдорж гарч ирснээр  АН-д хожил авчирсан. Тиймээс зүй ёсны талархлыг буруутгах аргагүй.
Өнөөдөр Н.Энхбаяр, С.Баяр нараас тавьсан асуудлыг МАХН-ын хяналтын хороогоор хэлэлцэх тухай яригдаж, эндээс ямар шийдвэр гарах нь асуултын тэмдэг адил олны сонирхлыг татаж байна.
Эрүүл мэндийн байдлаас үүдэн МАХН-ын даргын үүрэгт ажлаа хүлээлгэн өгсөн С.Баярын шийдвэрийг  олон нийт ойлгож хүлээж авсан бол удахгүй болох МАХН-ын их хурлаас  мөн чих тавьсаар байна. 

Зууны мэдээ Ч.Олдох